En 1892, se encarga a los gobiernos locales lo concerniente al saneamiento ambiental y en 1898 se establece la obligatoriedad de la vacunación antivariólica, hecho que origina posteriormente la creación del Instituto Nacional de Salud, dedicado a la producción de biológicos. En 1903, a raíz de un brote de peste bubónica, el gobierno determina la creación de la Dirección de Salubridad Pública, dependiente del entonces Ministerio de Fomento.

La preocupación y obligación del Estado por la protección de la salud de la población, se hace explícita desde 1920 en la Constitución de la República, posición que es ratificada en las posteriores Cartas Magnas. Las crecientes y complejas responsabilidades de la Dirección de Salubridad hacen necesario que el Gobierno la independice y cree sobre esa base un nuevo Ministerio.

El 05 de Octubre de 1935, al conmemorarse el 50 Aniversario del fallecimiento del mártir de la medicina peruana “Daniel A. Carrión”, fue promulgado el D.L. 8124 que crea el ministerio de Salud Pública, Trabajo y Previsión Social. En el nuevo Portafolio se integraron la antigua Dirección de Salubridad Pública, las Secciones de Trabajo y Previsión Social, así como la de Asuntos Indígenas del Ministerio de Fomento; confiriéndosele además las atribuciones del Departamento de Beneficencia del Ministerio de Justicia.